PRISM 数据分析

流程概览

分析流程将原始图像转换为基因表达矩阵。

graph TD
    A[原始图像] --> B[配准];
    B --> C[斑点检测];
    C --> D[解码];
    D --> E[细胞分割];
    E --> F[表达矩阵];

1. 环境设置

我们建议使用 conda 环境。

conda create -n prism_env python=3.9
conda activate prism_env
# 安装依赖...

2. 图像配准

对齐来自多个测序循环或杂交轮次的图像。

3. 斑点检测与解码

• 输入: 配准后的 TIFF 图像栈。
• 输出: spots.csv (X, Y, GeneID)。

4. 细胞分割

使用 DAPI 染色定义细胞边界。

• 工具推荐: Cellpose 或 Watershed。