SPRINTseq 技术¶
概述¶
SPRINTseq (SPatially Resolved and sIgnal-diluted Next-generation Targeted sequencing) 是由黄岩谊课题组开发的快速、抗信号拥挤的原位测序策略。该方法将混合分块编码（hybrid block coding）与分子稀释策略相结合，实现了快速、高灵敏度、高分辨率的空间转录组分析。
核心特性¶
- 混合分块编码： 同时具备抗信号拥挤和纠错能力的编码方案，解码效率高。
- 信号稀释： 通过物理稀释分子信号，解决致密组织中原位测序固有的信号拥挤问题。
- 快速测序： 对小鼠大脑冠状切片的靶向转录组测序可在 9.5 小时内完成。
- 近光学衍射极限分辨率： 亚细胞级别的转录本空间定位精度。
- 高通量： 使用 108 基因面板，从四个小鼠大脑冠状切片的 453,843 个细胞中恢复了超过 1.42 亿条转录本。
与 PRISM 的比较¶
| 特性 | PRISM | SPRINTseq |
|---|---|---|
| 全称 | Profiling of RNA In-situ through Single-round iMaging | SPatially Resolved and signal-diluted Next-generation Targeted sequencing |
| 读出方式 | 单轮荧光成像 | 多轮原位测序 |
| 编码方式 | 颜色-强度条形码（半径矢量编码） | 混合分块编码 |
| 靶标 | 预定义基因面板 | 靶向转录组（扩增子、异构体、变异） |
| 成像轮次 | 1 轮 | 多轮（测序循环） |
| 灵敏度 | 高 | 极高 |
状态¶
SPRINTseq 的文档目前正在数字化中。有关共享的湿实验技术（如 RCA），请参阅 PRISM 部分。